Magyarország és Szlovénia között a kisebbségi vegyes bizottságot szintén a Felek között létrejött külön kisebbségvédelmi szerződés hozta létre. A Magyar Köztársaságban élő szlovén nemzeti kisebbség és a Szlovén Köztársaságban élő magyar nemzeti közösség különjogainak biztosításáról szóló magyar-szlovén államközi egyezményt 1992. november 6-án írta alá a két ország, melynek 15. cikke alapján a Felek létrehozták a Magyar-Szlovén Kisebbségi Vegyesbizottságot. A bizottság hatáskörébe tartozik a magyar-szlovén államközi egyezmény rendelkezései megvalósításának figyelemmel kísérése, az érintett nemzeti kisebbségek helyzetének értékelése, az időszerű kérdések megtárgyalása, valamint az egyezményből eredő kötelezettségek megvalósítása érdekében ajánlások tétele az országok kormányai számára.

A Magyar-Szlovén KVB eddig 17 ülést tartott, melyek során a jegyzőkönyvek minden alkalommal aláírásra kerültek.