Kutatási területek
1.Magyarország és Kelet-Közép-Európa XX.-XXI. századi történetén belül különösen a régió nemzetiségeinek legújabb-kori története, az egyes országok nemzetiségpolitikájának változásai, és a második világháborút követő kényszermigráció – ki-, be-, és áttelepítések – kérdése foglalkoztat.
2. A szomszéd országokból érkezett magyar nemzetiségű menekültek integrációja Magyarországon (1938-1948)
3. NDK-magyar kulturális kapcsolatok (1949-1990)
4. Az 1956-os forradalom – elsősorban Bács-Kiskun megyei – eseményei.
Kiemelt publikációk
Tóth Ágnes: Dokumentumok a magyarországi németek történetéhez. Argumentum Kiadó, Budapest, 2018.
Tóth Ágnes: Közösségi igények és politikai elvárások között. SZÁZADOK 152: 2018. 4. 841-868.
Tóth Ágnes: A nemzetiségpolitika újragondolása (1965-1970). KISEBBSÉGKUTATÁS 26:2017. 1. 7-31.
Ágnes Tóth: Struktur und Tätigkeit der Leitung des Minderheietenunterrichts in Ungarn in der ersten Hälfte der 1950er Jahre. In: JAHRBUCH FUR DEUTSCHE UND OSTEUROPAISCHE VOLKSKUNDE 56: 2015. 157-172.
Tóth Ágnes: Nemzetiségi oktatás Magyarországon, 1945–1950. In: Mayer, László; Tilcsik, György (szerk.) Szorosadtól Rijekáig. Magyar Levéltárosok Egyesülete, Budapest,2015. 319-326.
Tóth Ágnes-Vékás János: Az identitás természete. In: Bárdi, Nándor; Tóth, Ágnes (szerk.) Önazonosság és tagoltság. Argumentum Kiadó, Budapest,2013. 11-40.
Tóth Ágnes, Vékás János: A kisebbségi közösségek társadalmi integrációjának külső és belső tényezői - a cigány kötődésűek példája. In: Bárdi, Nándor; Tóth, Ágnes (szerk.) Asszimiláció, integráció, szegregáció, Argumentum Kiadó, Budapest, 2011. 153-208.
Tóth Ágnes: Hazatértek. Gondolat Kiadó, Budapest, 2008.
Tóth Ágnes: The Hungarian State and the Nationalities. In: Tóth, Ágnes (szerk.) National and Ethnic Minorities in Hungary, 1920-2001. Atlantic Research and Publications, Inc.; Social Science Monographs. 2005. 162-200.
Projektek
1999-2002: A kelet-közép-európai németek helyzetének jogi szabályozása 1920-1990., nemzetközi kutatás, kordinátor: Institut für Zeitgeschichte, München
1999-2003: Pártállam és nemzetiségek. A Kádár-rendszer nemzetiségi politikája és a nemzetiségek helyzete 1950-1973. (Az OTKA támogatásával.)
2002-2008: Kitelepítettek-Visszaszököttek-Visszatérők.
2003-2008: A magyarországi egyházak és nemzetiségek 1920-1950. (Az OTKA támogatásával.)
2005-2007: A német nemzetiség helyzete Magyarországon 1944-1953. (Az NKA támogatásával.)
2008-2011: Dokumentumok a magyarországi németek történetéhez 1670-1950., nemzetközi kutatás, kordinátor: Bundesinstitut für Kultur und Geschichte der Deutschen im östlichen Europa, Oldenburg
2012-2019: Dokumentumok a magyarországi németek történetéhez 1944-1953., nemzetközi kutatás, Institut für donauschwäbische Geschichte und Landeskunde, Tübingen és MTA TK Kisebbségkutató Intézet
2012- : Identitás – migráció -modernizáció
2015 -: Jugoszláviai németek Magyarországon 1944-1950
2015-2020: Németek Magyarországon 1950-1990. (Az OTKA támogatásával.)
2016-2018: Die Selbstorganisation der Deutschen in Ungarn und die ungarische Nationalitätenpolitik (1950-1990). ( Bundesministerium für Kultur und Medien támogatásával.)
